Le prime tracce di vita sulle falde e sul pianoro di Monte Sirai, nell’entroterra sulcitano, in Sardegna, sono da collocare in epoca neolitica, anche se la morfologia e la struttura del monte ne fanno una fortezza naturale e quindi consentono di ritenere che il rilievo abbia costituito un rifugio per l'uomo fin dalle epoche più antiche. Comunque, i primi stanziamenti umani a Monte Sirai sono rappresentati da piccoli anfratti naturali - i cosiddetti ripari sotto roccia - che costituivano le abitazioni per i vivi e i luoghi di sepoltura per i morti.
Più consistenti testimonianze di vita a Monte Sirai sono da collocare, sempre in epoca neolitica, attorno al 2500 a. C. I resti più concreti sono costituiti da alcune caratteristiche sepolture sotterranee a due o più celle successive, le Domus de Janas. Che in questo periodo sul monte vi fosse un luogo di culto è dimostrato dalla presenza di almeno due grandi stele riutilizzate nella cosiddetta torre cava del Mastio.

Il monte, in età nuragica, costituiva probabilmente un luogo naturalmente difeso e ideale soprattutto per l'allevamento del bestiame. Le testimonianze più dirette della presenza di età nuragica sono costituite da alcune torri nuragiche erette sia alla sommità che lungo le pendici. Il nuraghe più imponente e di maggiore importanza del circondario è il nuraghe Sirai che è situato nella pianura che si apre a sud-est del monte. Altre torri nuragiche sorgono sia a sud che a sud-ovest del monte. Anche il pianoro di Monte Sirai era difeso da un nuraghe, ma la sua struttura semplice porta a considerare la sua funzione principale più quella di torre di avvistamento e di segnalazione che come specifico luogo di difesa. Inoltre, numerosi frammenti architettonici relativi sia allo stesso nuraghe che a una Tomba di Giganti sono sul pianoro e appaiono riutilizzati nelle strutture di età fenicia e punica.

Le prime tracce di una presenza stabile dei Fenici in Sardegna sono databili attorno al 750 a. C. e anche a Monte Sirai se ne notano chiari indizi. La fondazione di Monte Sirai si deve probabilmente ai Fenici stanziati fin dalla prima metà dell'VIII sec. a. C. a Sulcis, nell'isola di Sant'Antioco, o forse agli abitanti che nello stesso periodo occupavano la zona di Portoscuso, ove è stata rinvenuta una necropoli fenicia.

I Fenici costruirono a Monte Sirai un centro abitato di notevoli dimensioni, che si distendeva attorno alla vecchia torre nuragica e occupava una superficie pari a quella relativa al centro abitato visibile attualmente, che tuttavia, sia detto per inciso, ben poco presenta oggi di fenicio.

L'abitato di epoca fenicia era costruito attorno ad un luogo sacro, oggi chiamato Mastio poiché, all’atto della scoperta, si è ritenuto che il suo uso fosse soprattutto militare e difensivo. Questo edificio sorge in parte sul circuito di base del precedente nuraghe e ha subìto durante i secoli numerose ristrutturazioni. Si è potuto constatare che la torre nuragica era ancora in buono stato di conservazione in età fenicia e che il luogo di culto fenicio era ospitato all'interno della cella.

Nella valle a nord dell’abitato era situata una grande necropoli a incinerazione, costituita prevalentemente da tombe a fossa individuali. Tuttavia, non mancano testimonianze, sia pure non frequenti, d’individui inumati. Fino ad oggi sono state messe in luce 95 tombe contenenti i vasi rituali e un piccolo corredo di accompagnamento.

La comunità fenicia trascorse nell'abitato di Monte Sirai circa duecento anni di tranquilla attività commerciale, agricola e domestica fino a quando - attorno al 540 a. C. - Cartagine decise di porre piede in Sardegna per conquistarla. Le ostilità della città nord-africana erano rivolte soprattutto nei confronti delle città fenicie e quindi anche verso Monte Sirai. Infatti, dopo aspri combattimenti, radicali distruzioni e grandi stragi degli abitanti, Cartagine se ne impadronì saldamente. In ogni caso, come tutte le città fenicie di Sardegna, anche Monte Sirai uscì completamente distrutta dalla conquista cartaginese. I nuovi abitanti trovarono una sistemazione attorno al Mastio e quindi ripristinarono solo una parte degli edifici circostanti questo luogo sacro, anch'esso devastato dagli eserciti cartaginesi. In particolare, è in questa occasione che venne rasa al suolo la torre nuragica che ospitava il tempio fenicio. Dunque, dopo la sua conquista, avvenuta attorno al 520 a. C., il centro di Monte Sirai fu abitato da non più di tredici famiglie di stirpe nord-africana. Ciò si deduce dalla presenza nella necropoli relativa a questo periodo di tredici sepolture a camera sotterranea, quindi di tipo cartaginese, che rappresentavano altrettante tombe di famiglia.

In seguito allo scoppio della prima guerra punica, che ebbe una durata tra il 264 e il 241 a. C., allo scopo di prevenire eventuali sbarchi di contingenti militari romani, nei centri fortificati furono insediate alcune guarnigioni costituite da truppe mercenarie.

Dopo la fine della prima guerra punica,. Cartagine fu costretta da Roma a cedere la signoria della Sardegna. Dunque, senza colpo ferire, l'isola cadde sotto il dominio di Roma nel 238 a. C, che in un primo momento si limitò a demolire e a radere al suolo tutte le fortificazioni erette da Cartagine, per evitare sul nascere la creazione di possibili capisaldi di resistenza. In particolare le mura di Monte Sirai furono completamente distrutte e tutti i materiali furono utilizzati per la ricostruzione del nuovo centro abitato. L'insediamento cambiò totalmente il suo aspetto, l'impianto viario fu integralmente ritracciato e nuove abitazioni sorsero sul vecchio impianto fenicio e sulle più recenti rovine dell'abitato e delle fortificazioni puniche. Lo stesso tempio del Mastio fu completamente ristrutturato.

Improvvisamente e per cause non ancora interamente accertate, attorno al 110 a. C. l'abitato di Monte Sirai fu abbandonato. Ciò non accadde in maniera lenta e progressiva, ma in modo subitaneo e improvviso e si può desumere dallo stato delle abitazioni e dagli oggetti lasciati sul posto dagli abitanti.

Le cause di un abbandono tanto repentino dell'abitato di Monte Sirai sono probabilmente da riferire a qualche calamità naturale, quale ad esempio l'impoverimento delle risorse idriche.